烘焙废水通常含有高载量的悬浮固体，脂肪，油脂（FOG）和高生化需氧量（BOD）。由于这种废水的复杂性，它需要一个多步骤的解决方案。

首先，几乎总是需要预处理阶段来除去大的固体，手套，发网等。然后，需要化学处理步骤来破坏表面活性剂（通常是清洁溶液）与脂肪，油和油脂之间的粘合。悬浮固体和FOG表面的电荷被中和，导致固体，脂肪，油和油脂变得不稳定并从溶液中沉淀出来。然后加入聚合物将固体和FOG结合在一起形成所谓的“污泥”。此时污泥具有高表面积，可以使用澄清器或溶气漂浮沉淀或浮出水面。 （DAF）系统。

然而，固体去除预处理溶液不足以满足总流出物标准。下一个挑战是将生物需氧量（BOD）水平降低到严格的污水许可限制范围内。这是因为存在可溶（溶解）的BOD来源，如糖和蛋白质。即使是清洁解决方案也可以促进BOD。如果面包店需要排出低BOD处理过的水，则需要生物处理系统。

生物废水处理对于面包店来说可能很复杂，因为每个面包店都需要保持其设备和生产线的清洁和消毒。仔细审查清洁过程中使用的化学品是必要的，因为某些消毒化学品可以抑制生物处理系统中的微生物生长，即使是少量的。对生物体系最有害的是季铵化合物，或简称季铵化合物。这些消毒剂对面包店设备的消毒非常有效，但对生物处理系统中的友好微生物有毒。如果使用，它将不可避免地导致生物系统故障。由于仅需要少量来抑制大多数生物生长，因此季铵化合物可使生物处理系统完全无效。

在消毒过程中消毒或消耗的化学品消毒是在使用生物处理系统的面包店中使用的理想选择。这些化学品中的一些可能包括过氧乙酸（PAA），过氧化氢（H2O2），甚至更弱的漂白剂溶液。目标必须是在面包店内有效消毒，然后使用微生物处理废水。这些微生物是从废水中去除溶解的底物如糖，蛋白质，酒精和其他有机污染物的唯一经济有效的方法。拥有自己的生物处理系统的面包店变得有效，就像一个小型污水处理厂。水中的废物可能有些不同，但处理的类型和操作原理是相同的。